В мае-июне 2006 года контрольным департаментом аппарата полномочного представителя Президента Российской Федерации в Северо-Западном федеральном округе проведены проверки деятельности региональных органов исполнительной власти и органов местного самоуправления по реализации приоритетных национальных проектов «Здоровье», «Образование», «Развитие агропромышленного комплекса» и «Доступное и комфортное жилье — гражданам России» в Псковской области и в Ненецком автономном округе. Как сообщил сайт полномочного представительства Президента РФ в СЗФО, в Псковской области органами государственной власти не обеспечивался контроль за ходом реализации приоритетных национальных проектов «Здоровье» и «Образование». В области не были своевременно приняты нормативные правовые акты по вопросам осуществления дополнительных денежных выплат учителям за классное руководство, в результате чего образовательными учреждениями в Бежаницком, Дновском, Красногорском, Пустошкинском, Усвятском и ряде других районов не было в установленные сроки выплачено дополнительное денежное вознаграждение классным руководителям. Амбулаторно-поликлиническими учреждениями Псковской области (Псковский перинатальный центр, Городская поликлиника №3, Центральная городская больница г. Великие Луки) не соблюдался порядок учета и расходования денежных средств, полученных за оказание медицинской помощи женщинам в период беременности и родов. Денежные средства расходовались на оплату работ по ремонту зданий, содержание оборудования, приобретение офисной мебели, хозяйственных материалов, а также на выплаты работникам, должности которых не относятся к врачебному медицинскому персоналу (бухгалтер, экономист, программист, сантехник). В ряде муниципальных образований Псковской области (Локнянский, Куньинский районы) органами местного самоуправления не обеспечивается финансирование работ по подготовке помещений в амбулаторно-поликлинических учреждениях для установки диагностического оборудования. По этой причине руководством районных больниц принимались решения об отказе от поставляемого оборудования. Установлены также случаи отказов от фактически поставленного диагностического оборудования из-за его несоответствия сформированным заявкам (Гдовская центральная районная больница). Проблемным для Псковской области остается вопрос реализации проекта «Школьный автобус». Администрацией области была подана заявка на приобретение 75 автобусов, однако, согласно предварительной информации, планируется поставка не более 10 автобусов, при этом сроки поставки транспорта перенесены на декабрь 2006 года. В ходе проверки установлены многочисленные нарушения, допущенные при проведении отбора общеобразовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы, для получения денежных средств из федерального бюджета. В работе конкурсной комиссии не принимали участия представители общественных организаций, не учитывались все установленные критерии при конкурсном отборе. Подготовленная по итогам проверки информация направлена полномочным представителем Президента Российской Федерации в Северо-Западном федеральном округе И. Клебановым губернатору Псковской области М. Кузнецову для принятия мер по устранению выявленных недостатков и нарушений.